亓诗教为官期间陷入明末党争之中。公元 1614年（万历四十一年），方从哲入阁为相，依附者众多。亓诗教为方从哲门生，齐党首领，自然春风得意，一直持续到万历四十七年。其间齐、楚、浙三党权倾朝野，炙手可热。万历四十八年，给事中惠世扬、程诠相继弹劾方从哲，方从哲被迫辞官后，齐楚浙三党之魁失去靠山，相继引去，作为齐党之首的亓诗教于天启元年三月乞归故里。熹宗继位后，东林党得到重用，齐楚浙三党的一些重要成员不断受到东林党的弹劾追论。其间宦官魏忠贤取得司礼太监的重要职位，他内结王体乾、李承贞，外结亓诗教推举的方从哲的老乡大学士沈 ，权势日盛，把持朝政。天启四年，方从哲的老乡冯佺在魏忠贤亲信鲁生的极力推荐下登上相位。天启五年九月，亓诗教被冯佺召回京城，升为督察院右佥都御史，随后巡抚河南等处地方，并提督军务，兼理河道，但一直外放。天启六年仲夏，亓诗教自开封抱病而归。思宗继位后，清洗阉党，亓诗教被列入逆案，赎徒为民。他回乡后隐居城南苍龙峡，著有《饥民疏》《清闲词》《胡公去思碑》《石痴居士传》《石痴诗集序》等文留世，公元1633年（崇祯六年）去世，葬在苍龙峡西侧。