西樵山是华南一座名山，山上布满各种不同植物，种类有几千种物，山上还发现了距今2亿年的桫椤。还有10多种是国家级珍贵濒危植物。

1996年，西樵山风景区管理处就委托广东省林业勘测设计院专家为西樵山制订出了《西樵山森林景观改造总体规划设计》。到目前为止，工程历时10年，总投资1000多万元，共实施了8期改造工程，改造林区7000多亩。

西樵山上最珍贵的植物应算是桫椤（学名：Cyathea spinulosa），又名桫椤树、树蕨、蕨树、水桫椤、刺桫椤、大贯众、龙骨风、七叶树、蛇木，是一种桫椤科蕨类植物，有「蕨类植物之王」赞誉，可算是少数的残留的史前植物。

2010年，西樵山发现一株古樟树，树龄至少在150年以上，在整座西樵山的樟树，这株可以算得上是树王。

西樵山的树木中，有国家一级保护植物红豆杉，该种植物素有植物的「熊猫」。
2008年，西樵山「凰樵红豆杉园」揭牌成立，西樵社会各界热心群众一起种了300株红豆杉。据介绍，这些红豆杉为巨隆房地产公司所赠，共有300株。由于山体蓄水丰富，此次成立「凰樵红豆杉园」后，西樵山又有了300株与桫椤同样珍贵的红豆杉。红豆杉是一种珍稀树种，在我国主要生长在云南的西北部，属于国家一级保护植物，是第四纪冰川后遗留下的珍稀濒危植物，在地球上已生长近 250万年，分布范围狭窄，现存数量逐年减少。现在，全世界野生红豆杉仅有1000万株。

据研究指出，西樵山林木正在枯萎，作为国家级森林公园，西樵山原绿化面积达11平方公里，其中马尾松等松林有6.67平方公里，但目前西樵山已枯萎及死亡或濒临枯萎的松林面积已超过20%，桉树也开始出现枯萎和死亡现象。有关专家预测，如果这种情况持续下去，不出5年，岭南山水明珠将黯然失色。

西樵山树木枯萎或死亡的原因，主要是受大气污染的缘故。据2005年作的调查显示：受调查的97种树木中，生长正常的有榕树、高山榕、桂木、构树、三花冬青、苦丁茶、楝叶吴茱萸等67种；轻度受害的有湿地松、杉木、樟树、假柿叶等14种；中度受害的有轮叶木姜子、潺槁木姜子、亮叶猴耳环、珊瑚树、鼠刺、杨梅、黄牛木7种；重度受害的有马尾松、荷木、阴香、枫香4种;死亡或濒临死亡的有米锥、台湾相思、窿缘桉、柠檬桉、红花荷。

酸雨更是当中的「元凶」。据1995年至1996年的气象资料，西樵山的酸雨占了总雨量的40%。

西樵山是一个花卉的世界。评花会有悠久的历史，在明朝正德年间以后，西樵山上便建有4间书院，登山求学者甚多。当时，学子每逢上山求学时，便留意到山花美景，经常在山间寻名花，为花写作赋。大儒湛若水看在眼里，便自建「四花亭」、「借芳台」，将奇花异草采集起来，收揽在亭台楼阁之中，供学生们课后赏花赋花评花。从此，评花会成为西樵山一大文化盛事。

近年，西樵山评花会又重新恢复起来。2011年，西樵山举行第四届岭南评花欢乐节。评花会有学者，专家、艺术家、游客等组成的评花团对汇集在西樵山的一千多种奇花异草展开全方位的欣赏和评论，最终投票评出「花王」和十大名花。

西樵山的植物之中，四方竹是国家重点保护的珍贵观赏植物，它是西樵山特有的，如迁离本园，不出三年，竹身便会回复圆形。

「西樵山素有茶山之称，茶经唐末诗人曹松自浙江渚山移来，山上村民即以种茶为业。」据明周学心《西樵山志》载，当时樵茶为东粤第一，武定侯称其甲于天下。清光绪十八年（1892年），樵茶出口仍达65000担。西樵旅游部门有关负责人说，「现在西樵山还留有150多亩老茶林，形成漫山遍野山茶花，疑是飞雪落樵山的美丽景观。种植红花茶树就是为了再现古代茶花景观。」

西樵山出产古劳茶闻名，古劳茶是广东的历史名茶，因产地而得名。始于何朝何年，众说纷纭，没有明确的结论。相传，唐末诗人曹松守居西樵山，引入浙江长兴顾渚茶种于山中。古劳墟与西樵山隔水相望，且有宜茶山区，山区多为客家移民，喜欢植茶。由此推测，可能在宋、元年间，由西樵山引种茶树逐渐发展而来，至今约有1600多年历史。据史书记载，古劳茶山产茶于「宋元时期已现端倪」，而茶山顶的良道坪、大坑坪、永安、七星坑、锣鼓地、塔磨塘等六条村庒在550年前已开始植茶。到了清朝乾隆至道光年间（1736—1850年），古劳茶生产已进入全盛时期，「山埠间皆种茶，近则自海口（古劳北属南海地）到城（今鹤城），毋论土著、客家多以茶为业。出现一望皆茶树，来往采茶者不绝」的景象据道光版《鹤山县志》称，古劳茶山、大雁山等地「一望皆茶树」，出现茶烟万顷的景象。当年，茶山和山脚的丽水有茶园1000多亩。古劳茶曾通过广州沙面洋行销往欧美、澳大利亚，香飘万里，名扬五洲。1937年古劳茶山、丽水的茶园仅存448亩，产量301担。