《黄帝内经》是现存最早中医理论著作，对后世中医学理论的奠定有深远的影响。相传是黄帝与岐伯、雷公、伯高、俞跗、少师、鬼臾区、少俞等多位大臣讨论医学的记述，但传统上多认为此书成书于战国时期，但也有学者认为成书应在西汉中。但是透过近年的考古发现，我们了解到秦汉简帛中医文献大多比中国最早的传世医学文献《黄帝内经》更早，填补了中医研究资料的空白。

《汉书 艺文志 方技略》载有医经、经方、神仙和房中四种中医典籍。其中医经有：《黄帝内经》十八卷，《外经》三十七卷；

南北朝的时候，《黄帝内经》已经因传抄及战乱而散失，分成《素问》及《针经》两种版本，分别流传。最早对内经进行整理的学者，是晋朝的皇甫谧，他根据《素问》、《针经》及《明堂孔穴》，编着成《黄帝三部针灸甲乙经》一书。在《甲乙经》序中，他说：「按《七略》、《艺文志》，《黄帝内经》十八卷，今有《针经》九卷，《素问》九卷，二九十八卷，即内经也，亦有所亡失。」

南北朝时出现了第一本为《素问》作校注的书，作者为全元起。全元起校注的《素问》本，北宋时尚存，以后便散失不见了。今从林亿等所校订的《重广补注黄帝内经素问》中，尚可看到全元起编排的卷目次第和少量注文。

唐初杨上善将《灵枢》、《素问》的条文，根据内容重新分类，编次成《黄帝内经太素》三十卷。在宋朝时已经失传。

《隋书•经籍志》中记载有黄帝素问九卷，梁八卷；黄帝针经九卷。

对后世影响最大的内经版本，首推唐代王冰注释的《黄帝内经素问》。王冰深入研究《素问》，对当时通行的版本提出批评[1]并决心进行整理，耗时十二年，在唐朝宝应年间完成出版。王冰以其师的「张公秘本」作为蓝本，补入原本失传的七卷，并参校其它流传版本的《素问》加以整理、注释、编排次序，完成二十四卷的巨著。王冰将原来的内容用黑笔来写，他加上的注释用红笔来写，以区分原文与注释之别。但在后来百年的传抄之下，红字又被写成黑色，何处为王冰注释，又难以区分了。王冰补入第七卷的七篇大论－《天元纪大论》、《五运行大论》、《五常政大论》、《六微旨大论》、《六元正纪大论》、《气交变大论》、《至真要大论》是运气学说的主要依据。

王冰版的素问，后经北宋林亿等重新校着后，称为《重广补注黄帝内经素问》(又称《新校正》本)，成为最完整的《素问》善本，也是官方考试的依据。现今流传的《黄帝内经》就是这个版本，金元明清的医家，批注内经时，也都采用这个版本。

王冰注本析为二十四卷，计八十一篇，流行于世。宋仁宗嘉佑（1056－1063）年间，校正医书局林亿、高保衡等人奉敕对王冰注本《素问》加以校勘，正谬误六千余字，增注二千余条，并由政府刊印颁行，其规模之大、质量之优，前所未有，故为历代医家所珍重。该本亦成为后世《素问》各种版本之祖本。王注林校本在流传过程中不断演变，宋、金、元时期形成两个版本系统，即二十四卷本和十二卷本。明、清之际，又出现多种不同卷数的校注本，其所宗均未出王注林校本范围。

《内经》以宋本最善、明顾从德覆宋本其次。宋本名《重广补注黄帝内经素问》有学苑出版社影印本，价格比较高。

中国国家图书馆所藏众多版本《黄帝内经》中的精品《黄帝内经》，是元后至元五年(1339年)胡氏古林书堂刻本，也是目前存世版本中保存最完整的早期版本。

《黄帝内经素问》一书传世最早的版本是金刻二十四卷本，今残存十三卷，首尾均缺。又有元读书堂刻本，是保存完整的二十四卷本。惟胡刻此本为现存十二卷本之最早版本，且为全本，弥足珍贵。

明覆宋本《素问》《灵枢》全，有民国上海商务印书馆涵芬楼《四部丛刊》影印本，上海书店、四川人民出版社《诸子集成补编》分别据《四部丛刊》重印精装本；人民卫生出版社影印明本。

内经「刺法论篇第七十二」和「本病论篇第七十三」两篇，在王冰注释时已经失传。北宋林亿校正《素问》时，曾提及当时有《素问亡篇》的流传，刘温舒《素问入式运气论奥》中附有此两篇原文，署为《素问遗篇》。后世大多认为出自唐宋间人伪托。

《黄帝内经》亦流传至海外，其中日本藏中国古代医学典籍-小品方•黄帝内经明堂-古抄本残卷（复印本）。日本江户早期刻本「黄帝内经灵枢」 。